Mercedes Padilla nació en Madrid en cuyo Real Conservatorio Superior de Música obtuvo los títulos de Profesora Superior de Pedagogía Musical, Solfeo, Teoría de la Música, Transposición y Acompañamiento al Piano, Composición, Piano y Dirección de Orquesta.
Ha realizado cursos especiales de Pedagogía Musical, Musicoterapia, Música Sacra, Musicología, Dirección de Orquesta, Dirección y Canto Coral, Interpretación, Composición y Paleografía Musical.
Con los maestros Donatoni, Petrasi, Ferrara y Rilling perfecciona sus estudios de composición y dirección de orquesta en Italia y Alemania.
En 1984 fundó la Orquesta de Cámara Villa de Madrid y desde su presentación en el Teatro Real, en Noviembre de 1985, ha venido desarrollando una intensa actividad concertística en los más importantes ciclos de conciertos y festivales nacionales e internacionales.
Con motivo del juramento de la Constitución al cumplir la mayoría de edad el Príncipe de Asturias D. Felipe de Borbón, Mercedes Padilla fue invitada por la Casa Real para dirigir el Himno Nacional en el Congreso de los Diputados.
Ha dirigido orquestas sinfónicas en Venezuela, Colombia, Puerto Rico, Panamá, Costa Rica, Guatemala, Ecuador, Portugal y Estados Unidos.
En España ha actuado al frente de la Orquesta Sinfónica del Principado de Asturias, Orquesta Sinfónica de Castilla y León, Orquesta Clásica de Madrid, Orquesta de la Comunidad de Madrid, Orquesta Ciudad de Málaga, Orquesta Clásica de Murcia y Orquesta Sinfónica de Extremadura.
En Europa Occidental ha realizado giras con la Orquesta de Cámara de Bulgaria, con un notable éxito según la crítica especializada.
En febrero de 1999, con motivo de la visita de los Reyes a Filipinas, fue invitada -como representante de España- a dirigir, ante SS. MM., a la Orquesta Filarmónica y Coro de la ciudad de Manila en el Auditorio Nacional de esta ciudad.
En 1999 fue nombrada directora de la Orquesta Sinfónica del Real Conservatorio Superior de Música.
Está en posesión del los siguientes premios: “Premio Nacional Comunica”, (18 de mayo de 1989), “Agrupación de Madrileños” y “Consejo de la mujer de Majadahonda”, (8 de marzo de 2003).
Actualmente es catedrática de Contrapunto y Fuga en el Real Conservatorio Superior de Música de Madrid alternado la actividad concertística con la labor pedagógica e impartiendo cursos de dirección de orquesta y de dirección coral.